Nel centro urbano il Bacchiglione, proveniente dal Bassanello, si divideva in due rami principali, il Tronco Maestro verso nord sulle tracce del vecchio alveo lasciato dal Brenta dopo l'alluvione del 589, ed il Naviglio Interno verso est che intersecava la controansa del paleoalveo del Brenta. All'intersezione un bivio dirigeva un ramo verso nord per ricongiungersi di nuovo al Tronco Maestro nella zona dell'attuale Ponte Molino, e un altro principale proseguiva verso sud est, chiamato Canale di Santa Chiara, verso il Pontecorvo ed infine i vari rami si riunivano nuovamente nei pressi dell'attuale Stanga.

Il primo tratto del Naviglio interno, detto anche delle Torricelle, tra il Castello (vecchio) di Ezzelino e l'attuale Questura, è quindi con tutta probabilità uno scavo artificiale effettuato attorno all'anno 1000 e creava un netto confine urbano, all'interno del quale la città medioevale, completamente circondata d'acque e con attorno una pianura per buona parte paludosa, potè risorgere dopo centinaia d'anni di abbandono e rovina.

Nel 1220 venne concesso lo scavo di un canale (forse sulle tracce di un altro paleoalveo), denominato delle Acquette, al monastero di S.Maria in Vanzo allo scopo di azionare nuove ruote di mulino.

Nel 1223 una nuova concessione al monastero di S.Maria in Porcilia permise di scavare un nuovo canale, il Canale di Santa Sofia che dal Piovego, nei pressi degli attuali giardini dell'Arena, attraverso l'attuale via Morgagni, arrivava alle ruote di molino situate nella sede dell'attuale Ospedale Civile e sfociava nel Canale Santa Chiara presso Pontecorvo. Questo canale venne interrato nella seconda metà del 1800.

Ai monaci benedettini di Santa Giustina nel 1230 venne concesso lo scavo del Canale Alicorno che entrava negli orti del convento per riunirsi successivamente al Canale di Santa Chiara e al Canale di Santa Sofia presso il Pontecorvo a formare il Canale di San Massimo. Il canale venne risistemato nel 1500 ad uso della nuova cinta muraria veneziana e successivamente, nel 1700 ad opera di Memmo, divenne il collettore per la nuova sistemazione del Prato della Valle.

Ezzelino III, il famoso tiranno, nel 1246 concesse ad un suo protetto la facoltà di scavare un canale che faceva un semicerchio tra il ponte San Leonardo e ponte Molino, denominato per questo Canale Bovetta, per sfruttare l'acqua per i personali mulini e folli da lana. Il canale venne interrato nei primi del 1900.

Con la creazione della nuova cinta muraria del 1509 ad opera dei veneziani, venne completato un anello d'acque esterno alle mura, la Fossa dei Bastioni e le opere di sostegno a San Massimo, dando una sistemazione definitiva alle acque in città.

Trattandosi di un territorio alluvionale, attorno alla città erano numerose le paludi e i laghetti, la più nota delle quali copriva il Prato della Valle. Di esse restarono tracce fino ai primi decenni del 1800.

Canale Bisatto
Scavato nel 1188 da Vicentini e Veronesi, durante le guerre tra comuni, per deviare le acque del Bacchiglione.
Dallo strategico nodo fluviale di Longare (vi confluisce anche il Tesina), segue dapprima la riviera Berica, per portarsi poi a Lozzo Atestino e, dopo aver attraversato le paludose valli di Calaone, attraversa Este ed infine unisce le sue acque al Canale Battaglia. Il nome Bisatto deriverebbe perciò dal suo andamento sinuoso.

Canale Battaglia
Scavato nel 1189, si inserisce profondamente nella storia del territorio a sud di Padova, legando il suo nome ad innumerevoli dispute e vicende politiche e militari.
Parte come diramazione dal Bacchiglione al Bassanello, alla periferia Sud di Padova, per raggiungere Monselice, con una linea pressochè retta, costeggiando l'omonima strada statale. Le sue acque furono una importante risorsa energetica per le ruote dei molini e degli opifici, una importante fonte idrica per l'irrigazione, ma soprattutto una fondamentale via di comunicazione. Fino a metà 1900 intensissimo fu il movimento di barconi (Burci) per il trasporto di materiale pesante e da costruzione, creando una vera e propria cultura dei Barcari. Poi il lento ed inesorabile declino.

Canale Piovego
Scavato nel 1209 collega il ramo del Tronco Maestro del Bacchiglione, in centro città, al Brenta nei pressi di Strà. Con questo collegamento si creò un collegamento fluviale diretto e di strategica importanza tra Venezia e Padova. Fino ad allora i collegamenti con la laguna avvenivano attraverso il malagevole Roncajette.

Canale Brentella
Canale di derivazione dalla Brenta, lungo circa 11 Km., da Limena porta l'acqua al Bacchiglione. Ha origine dalle dighe scolmatrici ("colmelle" - un tempo in legno) poco a monte dell'attuale ponte alla chiusa detta dei "colmelloni", restaurata a fine 1800. Erano protette da un castello, demolito dai veneziani. E' stato scavato dai Carraresi nel 1314, allo scopo di regolare la portata d'acqua del Bacchiglione che, attraversando il centro di Padova, era di fondamentale importanza nell'economia cittadina, dovendo alimentare mulini e opifici. L'opera è stata per secoli celebrata e citata in trattati idraulici come esempio di genialità ed efficenza.
A scopi strategici serviva a scoraggiare le opere di sbarramento da parte dei Vicentini e Veronesi, i quali nelle lunghe lotte tra signorie comunali, con lo scavo del "Canale Bisatto", ridussero la portata d'acqua del Bacchiglione (evento citato da Dante nel IX Canto del Paradiso).

Canale Scaricatore, Canale San Gregorio e Piano Gasperini
Il grande canale Scaricatore, come ora lo conosciamo, è il frutto del lavoro di sistemazione e scavo conosciuto come "Piano Gasperini" del 1920, ma la sua travagliata storia inizia ben due secoli prima.